C’era una volta un classico regno incantato, un villaggio pacifico e dalla vita tranquilla e serena, uno di quei posti da sogno che si vedono solamente nelle favole. Tra le botteghe del villaggio c’era anche un negozio di alchimia in cui miscelando sapientemente ingredienti diversi si potevano ottenere delle sostanze capaci di aiutare le persone in vari campi: una scienza dal sapore antico tramandata da una donna e dalla sua assistente.

I guai arrivano quando giunge nella bottega una notizia spaventosa ed inquietante: se i proprietari del negozio non dimostrano una vera abilità in quel che sono chiamati a fare, dovranno purtroppo, entro un certo lasso di tempo, abbandonare l’edificio. Se la proprietaria si fa prendere dalla sua apatia, la promettente giovane studiosa si rimbocca le mani e soddisfa il requisito della lettera salvando così il luogo: è questo il succo del prologo di Atelier Meruru.